吴明瑜教授长期从事经济与政策研究，主持过为数不少的企大专向调研与国事咨询。现任中国技术经济研究会名誉理事长，中国科学学与科技政策研究会名誉理事长，中国科学研究会副理事长。“首钢股份”独立董事。香港中国资本投资管理公司独立董事。

曾任国务院发展研究中心副主任，国家科学技术委员会副主任，中国科学技术委员会委员，中国国土经济学会理事长，中国科技大学，重庆大学，北京理工大学兼职教授。长期从事科技政策、知识分子政策、财经政策研究，参加起草过一系列有关的重要文件、报告。如：1961年6月的《科技工作40条》，1975年胡耀邦主持的《关于科技工作若干问题的汇报纲要》，1978年全国科学大会邓小平讲话稿的起草，以及1985年中共中央关于科技体制改革的决定等。

1983—1984年在马洪领导下，和国家计委、经委等单位一起组织制定了我国迎接世界新技术革命的对策。本成果得到国务院批准，并获得全科技进步二等奖。

1983~1987年，领导并主持制定了全国的能源、材料工业、农业、交通运输、建筑、城市建设、消费品工业、环境保护、航空工业等一系列重大技术政策。这项成果得到国务院批准向全国发布，并获得全国科技进步一等奖。